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Miércoles, 07 Octubre 2020 10:12

Destacan importancia de avances en estudios genómicos de SARS-CoV-2 en Chaco

El doctor Horacio Lucero, investigador del Instituto de Medicina Regional de la UNNE, se refirió a las conclusiones preliminares de un estudio a nivel nacional que secuenció 31 genomas de SARS-CoV-2 en la provincia de Chaco. Se identificó que todas las secuencias pertenecen al linaje B.1 y que hubo múltiples introducciones del virus a la provincia. Para el estudio, el Instituto de Medicina Regional de la UNNE junto al Servicio de Inmunología del Hospital Perrando y la Dirección de Epidemiología del Ministerio de Salud de Chaco aportaron las muestras y los datos clínico-epidemiológicos de los pacientes y también participaron en la discusión de los resultados.

 

 

El proyecto "Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS)" es una iniciativa que busca la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de Argentina, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular, y estudios de correlación clínica.

El proyecto es coordinado un grupo de investigación del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez (HNRG), dirigido por la Dra. Mariana Viegas, pero además participan numerosas instituciones del país en las distintas fases del proyecto identificados como "Nodos de secuenciación", "Nodos bioinformáticos" y "Nodos de evolución".

Recientemente, en el marco de la investigación se logró el primer objetivo propuesto en el proyecto PAIS, que era identificar los linajes virales que han ingresado a través de los pacientes con antecedente de viaje a zonas afectadas, así como identificar el origen de los brotes descritos en la provincia de Chaco, grupos que se establecieron y asociarlos a brotes de circulación local.

El periodo de análisis en esta etapa corresponde a los primeros meses del brote en Argentina, desde el 1 de abril al 27 de mayo, más dos casos del mes de junio de relevancia epidemiológica al momento del muestreo. Los laboratorios y centros de salud que aportaron las muestras de los pacientes y participaron de los resultados fueron el Servicio de Inmunología Hospital Dr. Julio C. Perrando; la Dirección de Epidemiología del Ministerio de Salud de la provincia de Chaco y el Instituto de Medicina Regional de la UNNE.

Las muestras que se analizaron corresponden a extractos de ARN obtenidos de hisopados nasofaríngeos confirmados para la COVID-19 por la técnica de referencia de RT-PCR en tiempo real y un valor de CT por debajo de 30.

Para conocer en mayor detalle los resultados del estudio, el Departamento de Comunicación del Rectorado de la UNNE se contactó que con el Doctor Horacio Lucero, investigador del Instituto de Medicina Regional de la UNNE, quien destacó la relevancia de la investigación pues conocer en profundidad las características del virus tiene múltiples utilidades, desde estimar su evolución hasta saber si las vacunas desarrolladas en otras parte del mundo podría servir en el ámbito local.

Sobre los principales resultados indicó que se comprobó que todas las secuencias de Chaco pertenecen al linaje B.1 que ya fuera reportado en Argentina.

Las secuencias del genoma de SARS-CoV-2 obtenidas a partir de individuos infectados de distintos países han sido clasificadas, de acuerdo con cambios nucleotídicos y su agrupamiento filogenético, en dos linajes principales (denominados con letras A y B) y varios linajes internos (A.1-A.9 y sus subgrupos, o B.1-B.27 y sus subgrupos), según la última actualización de la clasificación. Según esta clasificación, también se desprenden de B.1.1.1 los nuevos linajes C y D.

"El linaje encontrado en Chaco coincide con el linaje encontrado en el resto del país y con el de mayor distribución a nivel mundial" explicó.

Pero si bien todas las secuencias de Chaco corresponden al mismo linaje B.1, el análisis filogenético realizado sobre las secuencias obtenidas muestra al menos 11 introducciones independientes del virus en la provincia.

Al respecto, el Dr. Lucero comentó que si bien algunos especularon en un principio que hubo una sola introducción del virus a partir de viajeros que venían de Europa, en realidad no fue la única vía de diseminación y hubo al menos otras diez introducciones del virus en la provincia de Chaco.

Explicó que para conocer las introducciones del virus, se comparan las secuencias de las muestras locales con secuencias de otras partes del mundo y ahí se ven similitudes y diferencias entre genomas virales. Mediante un diagrama en forma de árbol (árbol Filogenético), se ven patrones de ramificación que reflejan como las especies evolucionaron a partir de ancestros comunes.

Señaló que todos los virus son del mismo linaje pero hay pequeñas variantes genómicas según la zona de introducción. Esto puede observarse en el árbol filogenético que muestra que las secuencias obtenidas, no  tendrían un ancestro en común en esta provincia.

El investigador del IMR-UNNE señaló que otra conclusión de relevancia es que las secuencias analizadas de Chaco,  están agrupadas en clusters o grupos de secuencias, que coinciden con zonas geográficas y fechas de infección, y que permiten inferir la circulación de los mismos en distintos barrios cercanos a la ciudad de Resistencia, pero también en localidades más alejadas.

Hay un cluster principal que es el más numeroso (11 secuencias), donde está agrupada la mayor cantidad de casos de personal del sistema salud que se infectó.

Este cluster según los análisis epidemiológicos estaría asociado a un brote del personal de salud que se encuentra identificado como la segunda ola de casos de la provincia y que coincide con las fechas de las secuencias de este cluster (mes de abril). Cabe mencionar que este brote abarca tanto a trabajadores de servicios de salud públicos como privados, lo que se condice con que ambos sistemas comparten personal de salud.

El segundo grupo más numeroso contiene secuencias de 9 muestras mayoritariamente pertenecientes a la ciudad de Resistencia (algunas de ellas relacionadas con el Barrio Toba), tomadas entre el 05 de mayo y el 22 de mayo. Nuevamente se puede observar dentro del grupo la presencia de cadenas de transmisión viral.

El profesional explicó que la identificación de los cluster o grupos de secuencias, se logra gracias a la secuenciación y la agrupación que es realizada por un Software que analiza las similitudes de las mismas.

Detalló que el análisis de secuencias permite observar variaciones en el orden de los nucleótidos que tiene un genoma, y se simbolizan con cuatros letras: A, T, G y C y forman el alfabeto nucleotídico. La variabilidad de los diferentes genomas reside exactamente en el orden o secuencia que estos grupos químicos ocupan dentro de la cadena de ADN o ARN.

Por otra parte, mencionó que en el estudio se identificó una muestra de un paciente que tiene el genoma viral con una deleción nucleotídica (pérdida de 30 nucleótidos), es decir "se perdió parte del genoma". Explicó que se seguirá analizando el caso para determinar si esa pérdida tiene alguna significación clínica o científica.

 

CONTINUIDAD DEL PROYECTO

El Dr. Lucero comentó que el proyecto "Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS)" prosigue y en el caso de la provincia de Chaco se seguirán derivando muestras de otros brotes en la provincia de manera de ampliar las conclusiones del estudio.

Respecto a la importancia del estudio, señaló que la investigación contesta varios interrogantes, entre ellos cómo se va moviendo el virus a través de la provincia de Chaco y el país.

Además permite conocer si va mutando (cambios, pérdidas o ganancias de nucleótidos) y a qué velocidad, en función de la cantidad de variaciones genéticas que se van encontrando a través del tiempo.

Destacó que esa esa información sobre las características y mutaciones del virus podría ser útil para saber si las vacunas que se produzcan en otros países sirvan a nivel local, ya que las vacunas se hacen según las cepas circulantes en los países donde se fabrican que podrían no llegar a coincidir con las cepas locales, y de allí la importancia de contar con datos en el país y en las distintas regiones.

También es importante saber si existe alguna característica genética de las cepas circulantes que se pueda asociar con la severidad de la enfermedad.

Pero también estudiar las secuencias genómicas aportar gran cantidad de información para otros fines, desde estudios básicos y aplicados, así como para verificar si nuestras cepas pueden tener problemas con los métodos de diagnóstico disponibles en el mercado.

Las secuencias identificadas en el marco del “PROYECTO PAIS” serán subidas a la base de datos internacional GISAID una vez concluidos los análisis pertinentes relativos a esta etapa, mientras tanto estarán disponibles en un repositorio local.

Reiteró que si bien el Instituto de Medicina Regional de la UNNE, el Servicio de Inmunología Hospital Dr. Julio C. Perrando y la Dirección de Epidemiología del Ministerio de Salud de la Provincia de Chaco aportaron las muestras y los datos clínico-epidemiológicos de los pacientes, también participaron en la discusión de los resultados presentados.

En el marco de la colaboración del IMR-UNNE con el proyecto nacional, el Dr. Horacio Lucero estuvo a cargo de la coordinación técnica en el Laboratorio de Biología Molecular y los Dres. Gustavo Giusiano y Gerardo Deluca como asesores científicos.  Además se contó con la participación de un grupo de 13 investigadores de la UNNE y Conicet conformado por Biólogos, Bioquímicos y licenciadas en Genética.

 

 

El Dr. Horacio Lucero y el Dr. Gustavo Giusiano, referentes del equipo del IMR-UNNE que colaboró en el proyecto PAIS.

 

   

El proyecto prosigue y se seguirán derivando muestras de otros brotes en la provincia de Chaco de manera de ampliar las conclusiones del estudio